Molain dont l'origine signifie « milieu de la plaine» est situé sur le 1er plateau, au centre d'une vaste clairière entre la forêt des Moidons et la forêt de Poligny. C'est sur son territoire, riche en lapiaz, gouffres et dolomites, que s'ouvre la grotte des Moidons devenue site touristique très visité.
Le village est regroupé autour de son église à clocher comtois. L'activité économique du village est assurée par 5 exploitations agricoles, un commerce de vêtements et une exploitation forestière.
Il faut aussi souligner le dynamisme de l'association «La Montière» qui organise moult manifestations villageoises.