Véritable village vigneron, situé sur la Route Touristique des Vins du Jura, Pupillin est dénommé "Capitale Mondiale du Ploussard", cépage d'origine du superbe terroir local.
Une dizaine de vignerons indépendants et une quarantaine de sociétaires à la fruitière vinicole, cultivent 120 ha de vignes. Ils produisent et vendent toute la palette des vins AOC Arbois-Pupillin.
Il est agréable de se promener dans le village au fleurissement (label 2 fleurs) axé sur le thème de la viticulture : tonneaux, pressoirs... et autres matériels viticoles garnis de fleurs.
Parcourir les rues du village permet de découvrir le belvédère avec son aire de pique-nique, son kiosque d'observation et sa table d'orientation, offrant une vue panoramique sur le vignoble de Pupillin, l'église du XIXème siècle, l'oratoire Saint-Léger au pied duquel passait la ligne de démarcation, ainsi que de belles fontaines.
Les randonneurs et amateurs de VTT peuvent découvrir tout le territoire de la commune grâce à trois sentiers partant du centre du village et traversant l'un le vignoble, et les deux autres la forêt.