C’est en 1972 que Saint-Cyr et Montmalin s’associèrent pour former une seule commune:"Saint-Cyr-Montmalin".
Là-haut sur la colline nommée le Désert, se trouve l’église construite au XVIIIème siècle et dédiée à Saint-Cyr (enfant martyr du IIIème siècle) et à Sainte-Juliette.
Le chemin qui mène à ce promontoire sillonne une esplanade de tilleuls plantés sur les ruines de maisons du XVIIème siècle, détruites lors de la Guerre de Dix Ans.
L’horloge bat les heures à l’ombre des grands arbres, et pendant ce temps, le coq perché sur la croix a une vue imprenable. En effet ce promontoire forme un admirable point de vue sur le Mont Poupet qui domine de ses 840 m Salins-les-Bains, sur le viaduc de Montigny-les-Arsures, sur la Croix du Dan qui surplombe Poligny ainsi que sur Montmalin et la plaine Doloise.
Entre le XVIIIème et le XIXème siècles, toutes les familles des deux villages étaient paysannes et vigneronnes. Aujourd’hui, la vigne reprend peu à peu ses droits sur les terrains pentus du Désert et offre d’excellents vins d’AOC Arbois.
Le Saron, granges dépendant de Saint-Cyr, a aussi son côté historique. Il s'agissait jadis d'un village considérable, dont nous ignorons les causes et l’époque de sa destruction.
Le 22 juin 1940, les allemands occupent la moitié nord de la France. Dans la région une ligne dite "de démarcation" sépare la zone libre où se situe Saint-Cyr-Montmalin, de la zone interdite où, de fait, Arbois, chef-lieu de canton, est occupé par les troupes nazies.
Cette frontière passe sur le territoire de la commune qui se trouve ainsi isolée de son hameau du "Saron" où est installé un poste de garde allemand. La ligne disparaît en novembre 1943 à la suite de l’invasion de la zone libre par les Allemands.
Saint-Cyr-Montmalin, petit village calme au charme rural, se prête à merveille aux randonnées et à la découverte de son patrimoine historique, architectural et naturel.